يكي از مشكلات جدي باغداران، از بین بردن علف هاي هرز مي باشد. علف های هرز با ايجاد رقابت برای بدست آوردن آب و غذا و همچنین با ميزباني برخي از آفات مانند سن ها مشكلاتي را براي باغداران ايجاد می کنند.
سالانه هزینه های زیادی نظیر هزینه نیروی کارگری، هزینه ماشینی و هزینه خرید انواع سموم به منظور از بین بردن علف های هرز صرف می شود، که هریک به نوبه خود در افزایش هزینه های تولید سهم داشته و همچنین استفاده نادرست و بی رویه از مواد شیمیایی در کنترل علف های هرز موجب به خطر انداختن سلامت غذایی و ایجاد آلودگی های زیست محیطی می شود.
بيماري ناشی از قارچ فیتوفترا یکی ازمهمترين بيماري های پسته در ايران مي باشد كه هرساله باعث از بين رفتن تعدادزيادي از درختان بارور و غيربارور مي گردد.
درگزارش های اواخر دهه 60، درصد مرگ و میر درختان در اثر ابتلا به این بیماری در برخی باغ های منطقه رفسنجان حداکثر 11 درصد و بطور متوسط حدود 7 درصد برآورد شده بود.
 
در سال محصولی گذشته، طغیان شدید کرم نافه پرتقال به طور غیر منتظره ای در باغات پسته کالیفرنیا وجود داشت. نکته قابل توجه این بود، چگونه تعداد نسبتاٌ کم پسته های باقی مانده روی درختان یا زمین، پس از برداشت می تواند باعث ایجاد چنین مشکل بزرگی شود؟ در جواب باید گفت: یک کرم ماده که در داخل دانه های پسته، زمستان گذرانی می کند قادر است تعداد 85  تا 100 عدد تخم در بهار تولید کند.
 

از جمله روشهاي مبارزه با حشرات و کنه ها درگلخانه ها استفاده از آفت کشها مي باشد. ولي به هر حال نتايج به دليل ايجاد مقاومت بند پايان نسبت به آفت کشها هميشه آنطور که انتظار مي رود حاصل نمي شوند. و دانستن اطلاعاتي چند در اين مورد مي تواند آثار منفي مقاومت نسبت به آفت کشها را کاهش دهد